BIOLOGIA MOLECOLARE CON ELEMENTI DI BIOINFORMATICA
Anno accademico 2015/2016 - 1° annoCrediti: 8
SSD: BIO/11 - Biologia molecolare
Modalità di erogazione: Tradizionale
Organizzazione didattica: 200 ore d'impegno totale, 151 di studio individuale, 49 di lezione frontale
Semestre: 2°
ENGLISH VERSION
Obiettivi formativi
Nella prima parte del corso viene data enfasi, in modo sistematico, alle potenzialità e alle applicazioni della Bioinformatica. Nella seconda parte del corso, prendendo spunto da una tematica biologica trattata nel laboratorio del docente, viene mostrato ed insegnato agli studenti la progressione della conoscenza scientifica attraverso gli strumenti e la logica della ricerca biomolecolare.
Lo studente sarà in grado, al termine del corso, di utilizzare molti strumenti di analisi bioinformatica presenti sul web in piena autonomia. Avrà inoltre conoscenza delle grandi frontiere della ricerca biomolecolare nel campo della progettazione di molecole farmacologiche. Si sarà infine costruita una precisa idea delle problematiche e delle potenzialità della ricerca "al bancone" in Biologia molecolare.
Prerequisiti richiesti
Conoscenze di Biologia Molecolare
Frequenza lezioni
frequenza delle lezioni obbligatoria per almeno il 60%, così come previsto dal Corso di Laurea in cui è inserito l'insegnamento
Contenuti del corso
Prima parte del corso: Bioinformatica Programmi di allineamento di sequenze - programmi di allineamento globale e locale – significato biologico dell’allineamento - i programmi di allineamento nello screening di BD: FASTA e BLAST. Allineamento multiplo di sequenze – programma Clustal W. Ricerca di pattern e motivi funzionali in sequenze nucleotidiche e proteiche. Cenni di evoluzione molecolare – l’orologio molecolare – alberi filogenetici. Progetti Genoma – implicazioni bioinformatiche – strategie di sequenziamento – annotazione – risultati e finalità della genomica Tassonomia e classificazione delle proteine. - Metodi di determinazione della struttura 3D delle proteine - Banche dati PDB e MMDB - Altre Banche dati di rilievo nell'analisi delle proteine quali Expasy e Swiss-Prot - Predizioni di struttura secondaria delle proteine – Predizione di proteine di membrana - Classificazione di motivi e dominii – SCOP e CATH – Predizioni di struttura 3D delle proteine - Homology modeling - Threading - Predizione Ab Initio - Introduzione alla Molecular Dynamics. Seconda parte del corso: Applicazione delle tecniche di Biologia Molecolare nello studio del poro della membrana mitocondriale esterna VDAC: caratterizzazione del ruolo biologico delle isoforme e identificazione di residui amminoacidici e domini proteici coinvolti nella funzione di canale. Tecniche per lo studio della funzione di un gene: produzione di proteine ricombinanti e loro utilizzo nel campo della ricerca e nelle applicazioni industriali; tecniche di mutagenesi (mutagenesi sito-specifica, costruzione di chimere mediante PCR, gene assembly con PCR, mutagenesi per trasposizione); generazione di organismi transgenici (piante transgeniche mediante vettore binario e vettore cointegrato; animali transgenici transgenesi standard, gene targeting, transgenesi condizionale); RNA regolatori e silenziamento genico ( significato biologico e applicazioni); analisi dell’espressione genica (real-time PCR, analisi di sequenze regolatorie, cDNA microarray, oligonucleotidi microarray, array di proteine).
Testi di riferimento
S. Pascarella, A. Paiardini -Bioinformatica; dalla sequenza alla struttura delle proteine- Zanichelli.
J.D.Watson, A.A.Caudy, R.M.Myers, J.A.Witkowski-DNA ricombinante-Geni e Genomi-Zanichelli.
J.W.Dale, M.v.Schantz, N.Plant-Dai Geni ai Genomi-principi e applicazioni della tecnologia del DNA ricombinante-EdiSES.
Materiale didattico aggiuntivo sarà fornito dal docente. Vedi sito: http://www.unictbiolmol-lab.it/
Programmazione del corso
| * | Argomenti | Riferimenti testi | |
|---|---|---|---|
| 1 | * | Progettazione e produzione di proteine ricombinanti | J.D.Watson et al.-DNA ricombinante-Geni e Genomi-Zanichelli. |
| 2 | * | Tecniche di mutagenesi per lo studio della funzione di un gene e/o di una proteina | J.D.Watson et al.-DNA ricombinante-Geni e Genomi-Zanichelli. |
| 3 | * | Caratteristiche strutturali e funzionali della proteina VDAC. Metodi di studio della funzione di canale della proteina mediante l’utilizzo di membrane artificiali | materiale didattico fornito dal docente |
| 4 | * | Produzione di proteine VDAC ricombinanti wild-type e mutanti | materiale didattico fornito dal docente |
| 5 | * | Generazione di cellule e organismi transgenici mediante ricombinazione omologa, sito-specifica, trasposizione | J.D.Watson et al.-DNA ricombinante-Geni e Genomi-Zanichelli. |
| 6 | * | Identificazione del ruolo biologico delle proteine VDACs mediante lo studio in organismi transgenici | materiale didattico fornito dal docente |
| 7 | * | RNA regolatori dell’espressione genica: significato biologico, evidenze sperimentali, meccanismi d’azione e applicazioni | J.D.Watson et al.-DNA ricombinante-Geni e Genomi-Zanichelli |
| 8 | * | Tecniche per lo studio e l'analisi dell'espressione genica | J.D.Watson et al.-DNA ricombinante-Geni e Genomi-Zanichelli |
| 9 | * | Studio dell'espressione delle isoforme VDACs e del loro ruolo biologico in modelli di colture cellulari | materiale didattico fornito dal docente |
| 10 | * | Banche dati e sistemi di retrieval | S. Pascarella et al. -Bioinformatica; dalla sequenza alla struttura delle proteine- Zanichelli |
| 11 | * | Matrici per lo studio di sequenze. Allineamenti tra sequenze e programmi usati | S. Pascarella et al. -Bioinformatica; dalla sequenza alla struttura delle proteine- Zanichelli |
| 12 | * | Metodi e programmi per lo studio e l'analisi della struttura secondaria delle proteine | S. Pascarella et al. -Bioinformatica; dalla sequenza alla struttura delle proteine- Zanichelli |
| 13 | * | Metodi e programmi per lo studio e l'analisi della struttura tridimensionale delle proteine | S. Pascarella et al. -Bioinformatica; dalla sequenza alla struttura delle proteine- Zanichelli |
N.B. La conoscenza degli argomenti contrassegnati con l'asterisco è condizione necessaria ma non sufficiente per il superamento dell'esame. Rispondere in maniera sufficiente o anche più che sufficiente alle domande su tali argomenti non assicura, pertanto, il superamento dell'esame.
Verifica dell'apprendimento
Modalità di verifica dell'apprendimento
La modalità d'esame prevede una prova scritta alla fine del corso che sarà seguita da un esame orale. Tale modalità sarà quindi prevista solo ed esclusivamente per il primo appello disponibile dopo il corso delle lezioni e per gli studenti che avranno frequentato regolarmente raggiungendo la soglia minima di presenze. Per gli appelli successivi l’apprendimento verrà valutato mediante un esame solo ed esclusivamente orale.